Enstitümüz Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından geleneksel olarak düzenlenen "Verimlilik Proje Ödülleri" kapsamında Kamu Kategorisinde "Kurumsal Mükemmelleşme Yolunda Ulusal Kalite Hareketi" adlı projesi ile "2017 Verimlilik Proje Teşvik Ödülü" almıştır.
Enstitülerin "Teknik, Fiziki ve İdari Alt Yapılarının Uygunluğu" değerlendirmesi kategorisinde 2018 yılında Tarım ve Ormancılık Bakanlığı tarafından "Yetkinlik Ödülü" almıştır.