Enstitü 1938 yılında Türk-Alman işbirliği ile elma fidanlığı olarak kurulmuştur.
1956 yılında Fidanlık ve Küçük Evcil Hayvanlar İstasyonu Müdürlüğü olmuş,
1963 yılında Fidanlık ve Tavukçuluk İstasyonu Müdürlüğü adını almış,
1972 yılında Üretme İstasyonu Müdürlüğü olmuş,
1987 yılında Niğde Patates Üretme İstasyonu Müdürlüğü,
1991 yılında damızlık ördek palazı üretim programı eklenmiş,
1996 tarihinde Patates Araştırma Enstitüsü Müdürlüğüne dönüştürülmüştür.
2011 Yılında ise 639 sayılı KHK gereği Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü’ ne bağlı olarak Patates Araştırma İstasyonu Müdürlüğü olmuştur.
23 Haziran 2015 tarihinde Bakanlar Kurulunun 2015 / 7706 sayılı kararı ile Müdürlüğümüz Patates Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak faaliyetini sürdürmektedir.