​​Erzincan-Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitü, Tarım ve Köyişleri Bakanlığının 1.8.1986 tarihli olurları ile (mülga) Bahçe Kültürleri Araştırma Üretim ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü (mülga) Bölge Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsünün birleşmesi ile kurulmuş ve 1.5.1987 tarihlerinde yeni ismiyle çalışmalarına başlamıştır.

03/06/2011 tarih ve 639 Sayılı KHK ile Bakanlığımızın adı; "GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI" Genel Müdürlüğümüzün adı; "TARIMSAL ARAŞTIRMALAR VE POLİTİKALAR GENEL MÜDÜRLÜĞÜ" Kurumumuzun İsmi ise; "BAHÇE KÜLTÜRLERİ ARAŞTIRMA İSTASYONU MÜDÜRLÜĞÜ" olarak değiştirilmiştir.

    Müdürlüğümüz T.C Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğüne doğrudan bağlı bir kuruluştur.

 Enstitümüzü oluşturan (mülga) kuruluşlarının geçmişleri şöyledir.

 Bahçe Kültürleri Araştırma Üretim ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü
1927 yılında "Tali Mıntıka Mektebi" adı altında ilk defa kurulmuş daha sonra
-"İpekböcekçiliği Üretme İstasyonu"
-"Eğitmen Yetiştirme Mektebi"
-"Deneme Üretme İstasyonu" adları altında faaliyet göstermiş, daha sonra 1939 yılında Bahçeliköy'de kurulmuş olan fidanlık ile birleştirilmiştir. 1961 yılında "Bölge Ziraat Okulu" olarak yeniden yapılanmaya gidilmiştir. 1983 yılında ise "Ziraat Okulu" kapatılarak "Bahçe Kültürleri Araştırma Üretim ve Eğitim Merkezi" haline dönüştürülmüştür.

Bölge Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü
    1977 yılında "Ziraat Okulu" arazisi üzerindeki yapılan binalarda faaliyete geçen Enstitü: Bitki hastalık ve zararlıları konularında Erzincan, Erzurum, Kars, Ağrı, Sivas, Gümüşhane ve Tunceli illerinde başarılı faaliyetlerde bulunmuştur.​