​Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nün misyonu tarla bitkileri, bahçe bitkileri, çayır mer’a ve yem bitkileri alanlarında faaliyet gösteren üretici ve tarıma dayalı sanayicinin talepleri doğrultusunda, uygun tarımsal teknolojileri geliştirerek ülke ekonomisine katkıda bulunmaktır. Enstitü mevcut kapasitesini; tarla bitkilerinde buğday, çeltik, soya, ayçiçeği, kolza, ülkesel seviyede yürütülen kaynak materyal geliştirme, ıslah, yetiştirme tekniği, hastalıklara dayanıklılık, kalite değerlendirme ve geliştirme konularında; çayır mer’a ve yem bitkilerinde çayır mer’a amenajmanı, yem bitkileri ıslahı, yetiştirme teknikleri, bahçe bitkilerinde ihtiyaç ve talepler doğrultusunda fiilen yürütülmekte olan sebzecilik ve potansiyel ihtiyaç olan meyvecilik konularında araştırmalar yürütmek için kullanmaktadır.
Ayrıca, Enstitünün birikim ve kaynaklarının bütün bölgelerimiz için değerlendirilmesini sağlamak amacıyla, çalışılan tüm konularda projeli olmak kaydı ile benzer konularda çalışan enstitüler ile materyal değişimi yapılmaktadır.