Dünya Bankası ile uygulanan Tarımsal Araştırma Projesi çerçevesinde ve mali desteği alınarak, 01.02.1993 Tarih ve 93/4094 Sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Bakanlığa doğrudan bağlı taşra teşkilatı niteliğinde tarım ekonomisi konularında araştırma yapmak üzere 1996 yılı sonunda "Tarımsal Ekonomi Araştırma Enstitüsü" (TEAE) adı ile kurulmuştur.

TEAE, 2001 yılı Mart ayında Dünya Bankası Projesinin sona ermesinin ardından, 12/08/2002 tarih ve 152 sayılı Makam Olur'u ile Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığına bağlanmış ve faaliyetlerini genel bütçe imkânları ile devam ettirmiştir.

Bakanlığımızın 2011 yılında yeniden yapılanması kapsamında 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Teşkilat Yasası ile "Tarımsal Ekonomi ve Politika Geliştirme Enstitüsü" (TEPGE) adını almış ve Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. Bu idari bağlılığı 10.02.2019 tarihine kadar devam etmiştir.

Bakanlık Makamının 10.02.2019 tarih ve E.365466 sayılı Olurları ile yürürlüğe giren "Tarım ve Orman Bakanlığı Doğrudan Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönerge" ile TEPGE'nin idari bağlılığı Strateji Geliştirme Başkanlığı'na bağlanmıştır.

Strateji Geliştirme Başkanlığı'na bağlanması ile III. Tarım Orman Şûrası'nı başarı ile yürütmüştür.

Tarım ekonomisi konularında araştırma faaliyetlerine devam etmektedir.