Dünya Bankası ile uygulanan Tarımsal Araştırma Projesi çerçevesinde ve mali desteği alınarak, 01.02.1993 Tarih ve 93/4094 Sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Bakanlığa doğrudan bağlı taşra teşkilatı niteliğinde tarım ekonomisi konularında araştırma yapmak üzere 1996 yılı sonunda "Tarımsal Ekonomi Araştırma Enstitüsü" (TEAE) adı ile kurulmuştur.
TEAE, 2001 yılı Mart ayında Dünya Bankası Projesinin sona ermesinin ardından, 12/08/2002 tarih ve 152 sayılı Makam Olur'u ile Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığına bağlanmış ve faaliyetlerini genel bütçe imkânları ile devam ettirmiştir.
Bakanlığımızın 2011 yılında yeniden yapılanması kapsamında 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Teşkilat Yasası ile "Tarımsal Ekonomi ve Politika Geliştirme Enstitüsü" (TEPGE) adını almış ve Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü'ne bağlanmıştır.
Bakanlık Makamının 10.02.2019 tarih ve E.365466 sayılı Olurları ile yürürlüğe giren "Tarım ve Orman Bakanlığı Doğrudan Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönerge" ile TEPGE idari olarak Strateji Geliştirme Başkanlığı'na bağlanmıştır. Bu idari bağlılığı 03.07.2024 tarihine kadar devam etmiştir.
Bakanlık Makamının 03.07.2024 tarihli ve E-13805938 sayılı Bakan Olur'u ile yürürlüğe konulan “Tarım ve Orman Bakanlığı Doğrudan Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönergede Değişiklik Yapılmasına Dair Yönerge" ile Tarım ve Orman Bakanlığı Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönergenin 3'üncü maddesinde yer alan Tarım Reformu Genel Müdürlüğü'ne Bağlı Kuruluşlar Listesinde değişikliğe gidilerek TEPGE'nin idari bağlılığı Tarım Reformu Genel Müdürlüğü ile ilişkilendirilmiştir.
Katılımcı, kapsayıcı ve gelecek odaklı bakış açısıyla tarım, gıda, orman ve su sektörlerinde gelecek yılları kapsayacak planlamalar yaparak bu sektörün ihtiyaçlarına cevap verebilmek ve ülkemiz kalkınma hedeflerine katkı sunmak amacıyla toplanan III. ve IV. Tarım Orman Şûralarını başarı ile yürütmüştür.