Bakanlık tarafından belirlenen müdürlük amaç ve ilkelerine uygun olarak; balıkçılık ve su ürünleri (önemli türlerin stok tahminleri, biyo-ekolojik özelliklerinin belirlenmesi, av araç gereçlerinin verimliliği ve geliştirilmesi, su ürünleri genetik kaynakların korunması, balıkçılık sosyo-ekonomik yapısındaki değişimler, iklim değişikliğinin sucul ekosistemler üzerine olan etkileri, çift kabuklu biyolojisi ve yetiştiriciliği, yapay resifler, balık yumurta ve larvaları) araştırmaları ile ilgili faaliyetleri yürütmek ve sorumluluğu altındaki personelin tüm faaliyetlerinin etkenlik ve verimlilik ilkelerine uygun olarak yürütülmesi amacıyla çalışmaları planlamak, yönlendirmek, koordine etmek ve denetlemek.