Enstitümüz ilk olarak, entomolojik sorunları çözmek ve fauna tespitleri yapmak amacıyla 1926 yılında Mersin’de “Zirai Mücadele Laboratuar Şefliği” adı altında çalışmalarına başlamıştır. Kuruluşun ilk kurucu Müdürü Almanya’da Entomoloji konusunda eğitim görmüş olan Haydar İrtel’dir.

Bölgedeki bitki sağlığı sorunlarına çözüm bulmak amacıyla, T.C. Ziraat Vekâleti tarafından 1931 yılında, Mersin’deki laboratuvar Adana’ya taşınmıştır. “Seyhan Zirai Mücadele İstasyonu” adını alan bu kuruluş, uzun yıllar bölgenin Zirai Mücadele Araştırma ve Uygulama çalışmalarını yürütmüştür.

Daha sonra “Ziraat Mücadele Enstitüsü” adını alan kurum, 1969 yılında “Adana Bölge Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü”, 01.05.1987 tarihinden sonra ise “Adana “Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü” ve 08.06.2011 tarih ve 27958 sayılı resmi gazete yayınlanan, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Teşkilat ve Görevleri Hakkında 639 sayılı KHK gereğince de, "Biyolojik Mücadele Araştırma İstasyonu Müdürlüğü” olarak değiştirilmiştir.

Son olarak da; Resmi gazetenin 23.06.2015 tarih ve 29395 sayısında Bakanlar kurulunun 06.05.2015 tarihli kararınca, Kurum “Biyolojik Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Adana” ismini almıştır.