Sebzecilik şubesinde farklı sebze türlerinde açık döllenen ve hibrit çeşit geliştirmeye yönelik çalışmalar yürütülmektedir. Son yıllarda ise ağırlıklı olarak domates (sofralık-sanayi), biber ve patlıcanda ıslah programları yürütülmektedir. Bu ıslah programlarında yüksek verim, hastalıklara dayanıklılık, raf ömrü, tad, erkencilik, sertlik, renk ve yüksek sıcaklıklara dayanıklılık gibi özelliklerin iyileştirilmesi amaçlanmaktadır. 

Bu güne kadar yapılan çalışmalar ile farklı türlerde 29 sebze çeşidi tescil edilmiştir.

Domates:  SC 2121, MS 1453, MSC 50, Ege Pembesi-50, Menemen, , 1915, MASS 1001( Sofralık Hibrit)

Biber:  Bağcı Çarliston, Ege Acı Sivri, Ege 91 Tatlı Sivri, Uraz 98, Cumaovası, Menderes, Seyrek

Patlıcan: Aydın Siyahı, Kemer, Halep, Topan 374 ,Fener (Hibrit Patlıcan)

Kavun: Kırkağaç 637, Kırkağaç 589, Hasanbey 1, Çinikız, Çeşme 2003

Marul: Yedikule 5701,  Şemikler

Fasulye: Zondra

Hıyar: Çengelköy

Karnabahar: Winner Osenia

Bamya: Bornova 2003

Bu çeşitlerin şube tarafından tohumluk üretimleri düzenli olarak yapılmaktadır.

Ayrıca sebze genetik kaynakları çalışmaları kapsamında toplama, üretim yenileme ve karakterizasyon çalışmaları da yapılmaktadır.​