Bilimsel Koleksiyonlar Bölüm Başkanlığı'nın görevleri şunlardır:
- Bitki biyolojik çeşitliliğinin saptanması için floristik araştırmalar ile bitki materyali toplama ve teşhis çalışmalarını yürütmek,
- Milli Herbaryumun oluşturulmasını, geliştirilmesini, düzenini sağlamak,
- Bitki biyolojik çeşitliliğinin korunması konusunda çalışmalar yürütmek,
- Bitki DNA ve doku bankası kurulması, geliştirilmesi ve devamlılığının sağlanması için çalışmalar yapmak,
- Anatomik ve palinolojik preparat koleksiyonunun oluşturulması, geliştirilmesi ve devamlılığının sağlanması için çalışmalar yapmak,
- Müdürlük adına biyolojik çeşitlilik ile ilgili uluslararası anlaşmaları/sözleşmeleri takip ederek, ulusal ve uluslararası toplantılarda görev almak,
- Bitki biyoçeşitliliği, etnobotanik, taksonomi ve moleküler filogeni konularında araştırma faaliyetleri yürütmek,
- Biyolojik çeşitlilik konu kapsamında, gen bankaları, üniversiteler vb. kurumlarla koordinasyon sağlamak,
- Bilimsel bitki ressamlığı alanında çalışmalar yapmak,
- Tüm koleksiyonlardaki verileri düzenleyerek veri tabanına bilgi temin etmek,
- Botanik koleksiyonuna ilişkin diğer işleri yapmak,
- Müdürlük sorumluluğundaki konularda nadir-endemik-anıt statülü bitkileri ve bitki sosyolojilerini kuracağı ulusal açık ve gizli veri tabanına işlemek.
- Botanik laboratuvarlarını ve Müdürlük görev alanına giren konularda ihtiyaç duyulan diğer laboratuvarları kurmak ve işletmek,
- Müdürlük laboratuvarlarının kullanıcı eğitim ve izinleri, sıhhi ve güvenirlilik sorgulamaları, kullanım kılavuz ve protokollerinin oluşumu sağlamak,
- Laboratuvarların ulusal ve uluslararası akreditasyonlarını sağlamak,
- Müdür tarafından verilen diğer görevleri yerine getirmek.