​Yağlı Bitkileri Birimi, Enstitümüzün sorumlu olduğu bölgenin ayçiçeği, yerfıstığı ve soya bitkilerinin veriminin, yağ ve çerezlik kalitesinin artırılması yönünde projeli araştırmalar yürütmekle görevlidir. Genel amaç çerçevesinde yürütülecek çalışmalarda birinci öncelikli amaç, verimli, üstün yağ ve çerezlik kalitesine sahip,  adaptasyon yeteneği yüksek, erkenci, hastalık zararlı ve çevre stres şartlarına dayanıklı yeni ayçiçeği, yerfıstığı ve soya çeşitleri geliştirmek ve geliştirilen çeşitlerin üreticiye aktarılması amacıyla tohumluk programları düzenlemek ve yürütmektir. Bunun yanı sıra bölge yağlı tohumlu bitkiler üreticilerinin üretim aşamasında karşılaştıkları yetiştirme tekniği sorunlarına çözüm üretme yönünde projeler geliştirmektir. Bu güne kadar yapılan ıslah çalışmalar sonucunda yağlık ayçiçeğinde bir adet yağlık ayçiçeği çeşidi (Şems) Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü ile ortaklaşa tescil edilerek ülke çiftçisinin hizmetine sunulmuştur.​