Enstitüde üretilen sazanlarının yaklaşık %90’ı her yıl balıklandırma projesi kapsamında, yaklaşık 50 il ve 500 göl ve göletin balıklandırılmasında kullanılmaktadır. 

İç su kaynaklarımızın balıklandırma çalışmaları yanında denizlerimizin balıklandırılmasında da önemli görev alan Enstitümüz, 28 Mayıs 2022'de Genel Müdürlüğümüz ve Kocaeli Belediyesi'nin İzmit Körfezi Balıklandırma projesi kapsamında 3.000 çipura, 3.000 levrek yavrusu bırakılmıştır. 1 Temmuz 2022 Antalya Yat Limanı'ndan 10.000 levrek ve 10.000 çipura, 11 Ağustos 2022 Denizlerin balıklandırılması programı kapsamında Demre Çayağzı'ndan, 15 bin çipura yavrusu, 15 bin levrek yavrusu, 19 Ağustos 2022'de Denizlerin balıklandırılması programı kapsamında Demre Üçağız'dan: 15 bin çipura yavrusu, 15 bin levrek yavrusu, 01 Eylül'de avcılık sezon açılışında İstanbul Sarıyer Kireç burnundan 25.000 çipura, 25.000 levrek balığı denize bırakılmıştır. 09 Kasım 2022'de, İzmit Körfezinin Balıklandırılması" projesi kapsamında Enstitümüzde üretimi gerçekleştirilen 3 bin çipura yavrusu, 3 bin levrek yavrusu törenle denize bırakılmıştır. 28 Nisan 2023'te, İzmit körfezi balıklandırma çalışması kapsamında Kocaeli Tavşancıl sahilinde 3.000 çipura yavrusu ve 3.000 levrek yavrusu bırakılmıştır. Cumhurbaşkanlığı himayelerinde İstanbul ili Poyrazköy balıkçı barınağında gerçekleştirilen 2023 yılı av sezonu açılış töreninde 31 Ağustos tarihinde balıklandırma amacıyla 3.000 çipura yavrusu ve 3.000 levrek yavrusu bırakılmıştır.​